Самолет, выполняющий рейс 314 из Нью-Йорка в Лос-Анджелес, бесследно исчезает с радаров над Средним Западом. Спустя два года лайнер внезапно приземляется в том же аэропорту, откуда вылетел, при этом для пассажиров и экипажа не прошло ни минуты. Они возвращаются в мир, который за это время успел смириться с их гибелью, где изменились жизни их близких, а власти и ученые ломают голову над необъяснимым феноменом. Однако скоро становится ясно, что самое страшное — не во внешнем мире, а внутри самого самолета. Возвратившиеся начинают замечать странные изменения в себе, проявляющие себя вспышками нечеловеческой силы, внезапными видениями и слышанием чужих мыслей. Эти новые способности, сначала пугающие, постепенно начинают восприниматься как часть сложной головоломки, ключ к разгадке того, где же на самом деле провел все это время рейс 314 и что за сила стоит за его исчезновением. По мере того как пассажиры пытаются reinteгрироваться в свою старую жизнь, они обнаруживают, что между ними образовалась незримая, но мощная связь. Их воспоминания о пропавшем времени отрывочны и похожи на сон, однако в них проскальзывают одинаковые образы и символы, указывающие на некое общее пережитое испытание. Параллельно за ними устанавливает слежку таинственная корпорация, явно осведомленная о природе произошедшего и стремящаяся контролировать или изучить этих новых, изменившихся людей. Герои вынуждены объединиться, чтобы противостоять внешней угрозе и одновременно понять, во что они превратились. Расследование приводит их к шокирующему открытию: их исчезновение было не случайностью, а частью масштабного эксперимента, граничащего со сверхъестественным. Первый сезон заканчивается на кульминационной ноте, когда персонажи, расколовшись на тех, кто хочет скрыть свои способности, и тех, кто жаждет раскрыть правду, оказываются перед лицом новой, еще более масштабной аномалии, намекая на то, что история рейса 314 — это лишь первая глава в гораздо более глобальном и пугающем событии, способном изменить реальность.